Wasserburg ist von der Eisenbahngeschichte nicht gerade begünstigt worden. Schon Mitte des 19. Jahrhunderts bemühte sich die Handelsstadt am Inn um einen Anschluss ans Bahnnetz. Dabei scheuten sich die Stadtväter auch nicht, immer wieder neue Koalitionen einzugehen. Zwar wurde eine Ost-West-Verbindung bevorzugt, die jedoch wegen der beiden Strecken München - Salzburg und München - Simbach bald aussichtslos erschien. Als dann schließlich 1875 eine Nord-Süd-Verbindung gebaut wurde, waren die Wasserburger sehr enttäuscht. Der Bahnhof der Stadt lag wegen des schwierigen Geländes etwa 1 Sunde ausserhalb der Stadt (also etwa 5 Kilometer). In der Stadt machte sich Unmut breit, wie auch eine Überlieferung aus dieser Zeit ausdrückt: "Wasserburg ist seit kurzem zur Großstadt erkoren worden, wie sonst ist es zu erklären, dass man von der Stadt bis zum Bahnhof über eine Stunde laufen muss?". 1902 bekamen die Wasserburger dann doch noch einen etwas zentraler gelegenen Bahnhof.

Ein Erdrutsch im Frühjahr 1987 beendete die Geschichte der Stadtbahn dann von heute auf morgen. Selbst der im Stadtbahnhof Wasserburg über Nacht abgestellte 798 musste mit einem Straßen-Roller dort abgeholt werden.

Heute gibt es immer wieder Bestrebungen die Strecke zu reaktivieren.